SciAgent-Skills

Превратите ваш AI-агент в эксперта по наукам о жизни — 197 навыков биоинформатики для Claude Code: RNA-seq, анализ одиночных клеток, геномика, протеомика, разработка лекарств и многое другое. Повысили результат BixBench с 65% до 92%. Open source.

SciAgent-Skills — крупнейшая open-source библиотека навыков для научных AI-агентов. Оснащает Claude Code (и любой совместимый с markdown агент) предметными знаниями в области вычислительной биологии, биоинформатики, хемоинформатики и биостатистики — без дообучения: просто подключите и анализируйте.

Ключевые слова: AI-агент для биоинформатики, навыки Claude Code, научные вычисления, анализ RNA-seq, single-cell RNA-seq, пайплайн разработки лекарств, предсказание структуры белков, инструменты вычислительной биологии, автоматизация наук о жизни, бенчмарк BixBench

Бенчмарк: 92.0% на BixBench-Verified-50

BixBench — бенчмарк для оценки AI-агентов на реальных задачах биоинформатики. SciAgent-Skills достиг точности 92.0% на BixBench-Verified-50 — наивысший результат среди всех протестированных систем:

Простое оснащение Claude Code предметными навыками даёт прирост +26.7 процентных пункта — без дообучения, без кастомной модели, только структурированные научные знания.

Попробуйте прямо сейчас — OmicsHorizon

Хотите попробовать навыки без настройки? OmicsHorizon (오믹스 호라이즌) — веб-платформа на базе SciAgent-Skills. Зарегистрируйтесь и начните анализировать данные биоинформатики прямо в браузере: RNA-seq, протеомика, скрининг препаратов и многое другое.

197 готовых к использованию научных навыков для AI-агентов — охватывают геномику, протеомику, разработку лекарств, биостатистику, научные вычисления и научное письмо.

Каждый навык — самодостаточный файл SKILL.md с запускаемыми примерами кода, ключевыми параметрами, руководствами по устранению неполадок и лучшими практиками. Разработан для Claude Code, но совместим с любым AI-агентом, читающим markdown-файлы навыков (инструкции по настройке ниже).

Что внутри

Типы навыков: 72 инструментария, 53 коннектора к базам данных, 36 руководств, 35 пайплайнов

Установка

Предварительные требования

• AI-агент для написания кода: Claude Code, OpenAI Codex CLI, Cursor или Windsurf
• Git
• Python 3.12+ (требуется только для запуска скриптов валидации)

Примечание: SciAgent-Skills — не npm-пакет. Навыки — это обычные markdown-файлы, которые AI-агент читает напрямую. Никаких npx, npm install или зависимостей времени выполнения не требуется. Просто клонируйте репозиторий и укажите агенту путь к файлам навыков.

Шаг 1: Клонирование репозитория

git clone https://github.com/jaechang-hits/SciAgent-Skills.git
cd SciAgent-Skills

Шаг 2: Выберите способ настройки

Метод A: Плагин Claude Code (рекомендуется)

Загрузите SciAgent-Skills как плагин Claude Code для текущей сессии:

Чтобы убедиться, что плагин загружен, выполните /plugin внутри Claude Code и проверьте, что sciagent-skills отображается на вкладке Installed.

Навыки становятся доступны как /sciagent-skills:<имя-навыка>:

Или просто опишите задачу — агент автоматически найдёт нужный навык:

«Выполни анализ дифференциальной экспрессии на этой матрице подсчётов RNA-seq»

Постоянная установка — чтобы плагин загружался автоматически в каждой сессии, используйте команду установки плагина внутри Claude Code:

Метод B: Интеграция на уровне проекта (Claude Code)

Клонируйте в директорию проекта, чтобы Claude Code подхватывал навыки через CLAUDE.md:

cd your-project
git clone https://github.com/jaechang-hits/SciAgent-Skills.git .sciagent-skills

Добавьте в CLAUDE.md вашего проекта:

## Научные навыки
Доступные навыки биоинформатики: .sciagent-skills/skills/
При работе с биологическими данными обращайся к соответствующим файлам навыков.

Метод C: Глобальная конфигурация (Claude Code)

Добавьте в ~/.claude/CLAUDE.md для доступа во всех проектах:

## Научные навыки SciAgent
Библиотека навыков: /path/to/SciAgent-Skills/skills/
Используй эти навыки для задач биоинформатики, хемоинформатики и биостатистики.

Использование с другими агентами

SciAgent-Skills совместим с любым AI-агентом, читающим markdown-файлы:

OpenAI Codex CLI:

codex --context /path/to/SciAgent-Skills/skills/scanpy-scrna-seq.md "Проанализируй этот датасет scRNA-seq"

Cursor / Windsurf: Добавьте директорию skills/ в контекст проекта или правила агента через настройки IDE.

Любой агент с поддержкой markdown: Передайте содержимое нужного SKILL.md как системный промпт или контекстный документ.

Структура репозитория

Примеры использования

Анализ scRNA-seq

Виртуальный скрининг препаратов

Байесовский статистический анализ

Лицензия

Распространяется под лицензией CC-BY-4.0. При использовании или адаптации этих навыков укажите авторство.

Цитирование

Если вы используете SciAgent-Skills в исследовании, пожалуйста, процитируйте:

@software{sciagent_skills_2025,
  author = {Jae Chang},
  title = {SciAgent-Skills: 197 Bioinformatics Skills for AI Coding Agents},
  year = {2025},
  url = {https://github.com/jaechang-hits/SciAgent-Skills},
  note = {BixBench-Verified-50: 92.0\% accuracy}
}

Участие в разработке

Вклад приветствуется! Если вы хотите добавить новый навык или улучшить существующий:

1. Сделайте форк репозитория
2. Создайте ветку для вашего навыка: git checkout -b skill/название-инструмента
3. Следуйте шаблону существующих файлов SKILL.md
4. Отправьте pull request с описанием навыка и примерами использования

Поддержка

• Проблемы и запросы функций: GitHub Issues
• Веб-платформа: OmicsHorizon.ai